Расположена в Нюксенском районе Вологодской области. Широта — 60°24’, долгота — 44°15’. Отметка репера над уровнем Балтийского моря: 91,931 м.
Синоптический индекс: 22974
Станция расположена в долине р. Нюксеница (бассейн р. Северной Двины). Окружающий рельеф слабохолмистый, к северу от станции местность постепенно повышается к возвышенности Сухонское Заволочье (абсолютные отметки в радиусы от 10 км от 100 до 150 м).
Район расположения станции входит в зону хвойных лесов, почвы в окрестностях станции суглинистые.
Метеорологическая станция Нюксеница была открыта 2 августа 1935 года по программе II разряда. Период работы станции: август 1935 — апрель 1936 гг., с 1955 — по настоящее время. В августе 1935 г. станция расположена в селе Нюксеница на левом берегу р. Нюксеница. 25 декабря 1955 г. станция вновь была открыта, но уже на правом берегу реки. 16 мая 1970 г. станция была перенесена к югу на 300 м.