С началом Великой Отечественной войны, в условиях нехватки специалистов, гидрологическая станция в Великом Устюге перешла на изыскательно — экспедиционные исследования рек в зоне ответственности. В отсутствие мужчин вся тяжесть наблюдений легла на хрупкие плечи женщин, и отдельных мужчин, непризванных в действующую армию по инвалидности или болезни. Работа была переведена на сокращенный график наблюдений. На реке Сухона осталось 8 наблюдательных постов и 6 на реке Юг и ее притоках. Отсутствовали транспорт и средства связи. Порой пешком или на гужевом транспорте работники станции добирались до мест наблюдений, чтобы получить данные. В годы войны реки стали основным средством передвижения, завозов груза и пассажиров, а порой и единственным средством доставки леса для нужд фронта и промышленности.

Особенно тяжело пришлось на 1943 год. Это диктовалось запросами обороны, но учитывались хозяйственные потребности будущего мирного времени. В годы войны малочисленные отряды (по 2-3 человека), входившие в так называемую гидрографическую экспедицию, обследовали и составили гидрографические описания 10 водных объектов.

Одну из экспедиций (отряд) возглавлял Николай Павлович Пальников. Результаты полевой работы, материалы с хорошим качеством и уникальные сведения о водном и ледово-термическом режиме обследованных рек Сухоны, Юга и их притоков, об опасных гидрологических явлениях — были хорошим подспорьем для принятия важных решений, как по защите от наводнений, так и в целевом использовании рек. Прошло 65 лет со дня Великой Победы – участников тех событий уже нет в живых. Последний ветеран станции, работавший в годы войны Карачев Н.В. – умер в 2008 году. Ушла из жизни Акрепилова О.И., проработавшая на станции более 40 лет. В 2004 году ушел из жизни Пальников Н.И. – один из старейших работников станции, «хозяин реки Сухоны». Сейчас еще здравствует пришедший в начале 50- годов бывший водитель станции и ветеран гидрологической службы Ковалев В.В. – ему скоро исполнится 83 года, но он еще приходит на станцию, интересуется ее жизнью и делами. И это приятно. Память о ветеранах, прошедших горнило войны и послевоенного лихолетья, навсегда останется в делах и трудах станции.

Начальник Г-2 Великий Устюг А.И. Пивоваров